สถาบันโพธิคยาวิชชาลัย 980 ก่อตั้งขึ้นในดินแดนต้นกำเนิดพระธรรม เมืองพุทธคยา ประเทศอินเดีย เมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ.2550 เนื่องในโอกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 80 พรรษา พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร รัชกาล 9 ปัจจุบันสถาบันฯตั้งอยู่ที่วัดไทยกุสินาราเฉลิมราชย์ เมืองกุสินารา รัฐอุตตรประเทศ ,วัดไทยพุทธคยา เมืองคยา รัฐพิหาร ประเทศอินเดีย และกรุงเทพมหานคร ประเทศไทย ตลอดระยะเวลากว่า17 ปี ได้ดำเนินกิจกรรมและโครงการต่างๆตามพันธกิจ โดยมีกิจกรรมเป็นที่รู้จัก คือ งานธรรมยาตรา 5 แผ่นดินลุ่มน้ำโขง (ไทย-เมียนมา-เวียดนาม-สปป.ลาว-กัมพูชา) จำนวนสองครั้ง ในปี พ.ศ. 2560 และปี พ.ศ. 2562 โดยเมื่อปีพ.ศ.2567 สถาบันฯร่วมกับกระทรวงวัฒนธรรม รัฐบาลไทย และรัฐบาลอินเดีย ผ่านทางสถานเอกอัครราชทูตอินเดียประจำประเทศไทย อันเชิญพระบรมสารีริกธาตุ และพระอรหันตธาตุของพระสารีบุตร และพระมหาโมคคัลลานะ จากสาธารณรัฐอินเดีย มาประดิษฐานเป็นการชั่วคราว ณ ประเทศไทย เฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 6 รอบ 28 กรกฎาคม 2567 ตั้งแต่วันที่ 22 กุมภาพันธ์ ถึง 19 มีนาคม พ.ศ. 2567 ภายใต้โครงการธรรมยาตรา ครั้งที่ 3 ในชื่อ ธรรมยาตรา พระบรมสารีริกธาตุ มหานทีคงคาลุ่มน้ำโขง โดยมีประชาชนมากกว่า 4 ล้านคนเข้ากราบสักการะบูชา นับเป็นช่วงเวลาสำคัญทางประวัติศาสตร์ในฐานะการรวมตัวของชาวพุทธที่ใหญ่ที่สุดในยุคปัจจุบัน แสดงให้เห็นถึงความศรัทธาอันลึกซึ้งต่อพระรัตนตรัย และความเจริญรุ่งเรืองทางวัฒนธรรมที่มีร่วมกันระหว่างอินเดีย ไทย ตลอดทั่วทั้งอนุภูมิภาค ยังให้เกิดความปีติอันยิ่งใหญ่ที่อินเดียได้นำกลับมาสู่คนไทยอีกครั้ง และจะดำรงศาสนสัมพันธ์อันแน่นแฟ้นนี้ให้คงอยู่ตลอดไป